协会秘书处设立5个部门,分别是:党群工作办公室(信息网络办公室、法律服务办公室)、会员组织部、学术培训部(项目服务与标准化办公室、国际交流合作办公室)、人才技术服务部、医疗质量评价部(保险服务办公室)。