目前，大多数专家认为褪黑素还是安全的，适量服用一般不会产生严重的毒副作用。不过，在临床实际应用中，服用褪黑素还是会存在一定的不良反应，常见的包括嗜睡、头晕、头痛、恶心等。一项系统性评价表明，在0.15～12mg/每天的剂量之下，4～29周的治疗周期中，最常见的不良反应包括白天嗜睡(约占1.66%)、头晕(约占0.74%)、头痛(约占0.74%)、其它睡眠相关不良事件(约占0.74%)和体温过低(约占0.62%)。换言之，严重的或具有临床意义的不良事件还是相对较少的，仅仅包括焦虑、心悸、噩梦、情绪波动、疲劳和皮肤刺激等。还有，大多数的这些不良反应要么在不调整褪黑素剂量的情况下在用药之后的几天内自行消失（表明人体已经耐受），要么在停止用药后立即消失（表示没有后遗效应）。

值得一提的是，如果患者有肝、肾问题，罹患风湿性关节炎，多发性硬化症或红斑狼疮，或其它自身免疫性疾病，应当慎用褪黑素。对于孕妇或者哺乳期妇女，应避免使用褪黑素，因为虽然褪黑素对于胎儿的安全性研究还比较少，但已经证实褪黑素可以经乳汁排出，有引起婴儿嗜睡的可能。

褪黑素主要经细胞色素酶P450 CYP1A2代谢为6-羟基褪黑素，并经肾脏排出，由该酶代谢的其它药物或者食物均会影响褪黑素的体内代谢。

烟与酒也会影响褪黑素的助眠作用，所以患者用药期间应当避免饮酒与抽烟。抗抑郁药（如氟伏沙明或丙咪嗪）、雌激素（避孕或激素替换疗法）、西咪替丁、卡马西平等均可能与褪黑素产生相互作用，会改变药效，并诱发不良反应，应该谨慎合用。

褪黑素在美国被作为一种膳食的补充剂，不受国家食品药品监督管理局（FDA）的监管。在加拿大，褪黑素同样被允许作为天然健康产品的原料使用，成人每日推荐用量为 0.5～10mg。在欧盟，褪黑素不被允许作为食品原料使用，大多情况下被视作药物。澳大利亚药物管理局也批准褪黑素为药物。

在我国，褪黑素被允许作为保健食品原料使用，即不以治疗疾病为目的但可以改善人体的某些机能，且相对而言不应存在诸多的不良反应。褪黑素的纯度在99.5%以上的产品每日推荐用量为1～3mg，保健功能仅限定为改善睡眠。总之，无论在国内还是在国外，对于褪黑素的监管还是相对宽松的，但偶发事件始终存在。近年来，美国的一项针对褪黑素的研究就表明，在受调查的30种含有褪黑素的保健品中，大多数补充剂中褪黑激素的实际含量与标注的含量相差超过了10%，实际含量为标签含量的83～478%不等，该研究还发现，某些产品的不同批次之间的可变性甚至也会高达465%。

综上所述，如果是由于褪黑激素缺乏（如大部分老年失眠患者），生物钟紊乱而引起的睡眠问题，那么褪黑素确实是“良药”，“神药”却言过其实。但如果睡不着的根源是因为焦虑、忧思、抑郁等，那褪黑素就没有那么好的效果了，事实上对于心理疾病，心病还须心药医，药物治疗只是辅助手段。适量服用褪黑素类的产品不会对于人体健康产生什么危害，褪黑素确实具有一定改善睡眠的功效，但仅仅依靠保健品或者药物来解决复杂的失眠问题，一味地对症治疗是不行的，还是应当积极地寻找引起睡眠障碍的原因，是否心理压力过大？心结是什么？咖啡和茶等饮料喝多了？晚上熬夜玩手机？长期翻班，不堪重负？对因治疗才能事半功倍。短期外源性服用褪黑素来治疗褪黑激素缺乏、生物钟紊乱所引起的睡眠障碍确实有一定的效果，但长期服用是否安全尚不明确，因而不建议长期服用含有褪黑素的产品，不要轻信夸大其词的产品广告，不要让“良药”成为了“忽悠药”。谨记“短时间、小剂量”服用褪黑素才最为适宜。

含有褪黑素的产品，其剂量一般为3mg、5mg、10mg，相对偏高。此外，实际含量与标示含量是否一致，仍存在着一定的疑问。服用褪黑素需要个体化给药，即根据个人不同的基础水平和疾病情况来设定剂量，不能盲目地将褪黑素当做百治百灵的“神药”来用。事实上，外源性补充褪黑素是否在治疗上一定有效，仍存在着诸多争议。一些荟萃性分析发现，补充褪黑素对睡眠障碍、癌症进展、心脑血管疾病、神经系统疾病和不孕症治疗的积极作用，要么根本没有证据，要么证据支撑不足，因而存在不确定性。此外，褪黑素也并非适合所有人，如不推荐孕妇与哺乳期妇女使用等。还有，褪黑素经细胞色素酶P450代谢，可能会与很多药物发生相互的作用，在药物同服时也应当慎之又慎。